經國務院批准，2015年8月10日，財政部、海關總署和國家稅務總局印發了《關于對化肥恢復徵收增值稅政策的通知》（財稅〔2015〕90號），規定自2015年9月1日起，對納稅人銷售和進口的化肥，統一按13%稅率徵收增值稅，原有的增值稅免稅和先征後返政策相應停止執行。
    自1994年以來，國家對國內生産流通和進口的部分化肥品種一直實行免征或者先征後返增值稅等優惠政策，在保障化肥供應、穩定農資價格、支持農業生産等方面發揮了積極作用。但隨著形勢的發展變化，上述政策的弊端日益顯現。一方面，化肥增值稅優惠政策是在我國化肥供不應求、國家對其實行價格管制、增值稅抵扣鏈條不完整的背景下出臺的，當前市場和政策環境都發生了較大變化，化肥價格管制已經全面放開，供求關係已經由供不應求轉爲産能過剩，且隨著營業稅改征增值稅改革試點的推進，化肥企業的進項稅抵扣越來越充分，繼續對化肥實行增值稅優惠政策的必要性不大。另一方面，從政策執行情况看，農民和企業實際受益不大，還帶來了重複徵稅和政策不統一等問題，特別是化肥産能過剩和過度施用問題日益突出，要求取消化肥增值稅優惠政策的呼聲越來越强烈，部分化肥生産企業也建議儘快恢復徵稅。爲了落實中央農村工作會議關于把過量使用的農業投入品儘快减下來的要求，順應形勢的發展變化，解决政策執行中出現的問題，有必要適時停止執行化肥增值稅優惠政策。
    當前，化肥價格處于相對低位，市場供應充足、競爭充分，爲化肥增值稅優惠政策的調整提供了有利契機。同時，國家對有機肥仍然在生産流通全環節實行免征增值稅政策，有利于鼓勵有機肥的生産和使用，優化用肥結構，促進農業可持續發展。此外，由于國家設有農資綜合補貼幷動態調整等制度安排，即使化肥價格出現一些波動，調整化肥增值稅優惠政策對正常的農業生産和農民增收不會産生大的影響。